Lần đầu tiên bước vào khám phá thế giới của các “chú chim cánh cụt” có lẽ các bạn sẽ ngạc nhiên khi thấy Linux có khá nhiều thư mục và không có khái niệm ổ đĩa như trên Windows. Nhìn chung các thư mục này đã được chuẩn hóa với những mục đích sử dụng nhất định.

Hệ thống tập tin của Linux và Unix được tổ chức theo một hệ thống phân bậc tương tự cấu trúc của một cây thư mục, bao gồm 1 thân thẳng đứng và các cành lớn chiã ra. Bậc cao nhất của hệ thống tập tin là thư mục gốc, được ký hiệu bằng vạch chéo “/” (root directory). Đối với các hệ điều hành Unix và Linux tất các thiết bị kết nối vào máy tính đều được nhận ra như các tập tin, kể cả những linh kiện như ổ điã cứng, các phân vùng điã cứng và các ổ USB, chẳn hạn. Sau đây là danh sách các thư mục thông thường được nhìn thấy dưới thư mục gốc (/) :
/bin – Thư mục này chứa các file chương trình thực thi dạng nhị phân và các chương trình khởi động của hệ thống. (binary applications),
/boot – các tập tin cấu hình cho quá trình khởi động hệ thống (boot configuration files),
/dev – Thư mục này chứa các file thiết bị. Trong thế giới *nix và Linux các thiết bị phần cứng (device) được xem như là các file. Đĩa cứng và phân vùng cũng là file như hda1, hda2, hdb1, hdb2, đĩa mềm thì mang tên fd0… các file thiết bị này thường được đặt trong này. (device files),
/etc – Thư mục này chứa các file cấu hình toàn cục của hệ thống. Có thể có nhiều thư mục con trong thư mục này nhưng nhìn chung chúng chứa các file script để khởi động hay phục vụ cho mục đích cấu hình chương trình trước khi chạy.
/home – Thư mục này chứa các thư mục con đại diện cho mỗi user khi đăng nhập. Nơi đây là thư viện làm việc thường xuyên của người dùng. Khi người quản trị tạo tài khoản cho bạn họ sẽ cấp cho bạn một thư mục cùng tên với tên tài khoản nằm trong thư mục /home. Bạn có mọi quyền thao tác trên thư mục của mình mà không ảnh hưởng đến người dùng khác.(local users’ home directories),
/lib – Thư mục này chứa các file thư viện .so (shared object) hoặc .a. Các thư viện C và liên kết động cần cho chương trình chạy và cho toàn hệ thống. Thư mục này tương tự như thư mục SYSTEM32 của Windows.(system libraries)
/lost+found – Khi hệ hệ thống khởi động hoặc khi bạn chạy trình fsck, nếu tìm thấy một chuỗi dữ liệu nào thất lạc trên đĩa cứng và không liên quan đến đến các tập tin, Linux sẽ gộp chúng lại và đặt trong thư mục này để nếu cần bạn có thể đọc và giữ lại dữ liệu bị mất.
/media – thư mục này được dùng để tạo ra các tập tin gắn (loaded) tạm thời được hệ thống tạo ra khi một thiết bị lưu động (removable media) được cắm vào như đĩa CDs, máy ảnh kỹ thuật số, USB, etc….
/mnt – thư mục này được dùng để gắn các hệ thống tập tin tạm thời (mounted filesystems),v /opt – thư mục dùng để chứa các phần mềm ứng dụng (optional applications) đã được cài đặt thêm,
/proc – đây là một thư mục đặc biệt linh động để lưu các thông tin về tình trạng của hệ thống, đặc biệt về các tiến trình (processes) đang hoạt động,
/root – đây là thư mục nhà của người quản trị hệ thống (root),
/sbin – Thư mục này chứa các file thực thi của hệ thống dành cho người quản trị (root). (system binaries)
/sys – thư mục này lưu các tập tin của hệ thống (system files),
/tmp – thư mục này lưu lại các tập tin được tạo ra tạm thời (temporary files),
/usr – Thư mục này chứa rất nhiều thư mục con như /usr/bin, /usr/local… Và đây cũng là một trong những thư mục con quan trọng của hệ thóng, bên trong thư mục con này (/usr/local) cũng chứa đầy đủ các thư mục con tương tự ngoài thư mục gốc như sbin, lib, bin… Nếu nâng cấp hệ thống thì các chương trình bạn cài đặt trong thư mục /usr/local vần giữ nguyên và bạn không phải sợ các chương trình bị mất mát. Thư mục này tương tự như thư mục C:\Program Files của Windows.
/usr/src – Thư mục chứa mã nguồn kể cả mã nguồn của Linux.
/usr/man – Chứa tài liệu hướng dẫn (manual).
/var – thư mục này lưu lại các tập tin ghi các số liệu biến đổi (variable files) như các tập tin dữ liệu và các tập tin bản ghi (logs and databases).

Thêm 3 điểm khác biệt nhỏ nữa mà bạn cần phải để ý là
– trong đường dẫn của Linux, các thư mục được phân cách nhan bằng ký hiệu / (trong khi với DOS/Windows là ký hiệu \);
– và các tham số của lệnh trong Linux được bắt đầu bằng dấu trừ (-) (VD: ls -l) trong khi với DOS/Windows là ký hiệu / (VD: dir /a); các tham số của Linux có thể được dùng kết hợp với nhau (VD: ls -al, ls -ls…)
– cuối cùng, Linux khác với Windows ở chỗ Linux phân biệt chữ hoa và chữ thường, trong Linux abc và Abc là khác nhau.